Frío seco en la zona alta y subtropical seco en la baja, donde la temperatura media es de 26 °C en verano (con máximas de 35°C) y de 10°C, en invierno (con mínimas de -10°C). Gran amplitud térmica, alto índice de heliofanía (luminosidad) y hasta 200 mm anuales de lluvia, concentrados en la época veraniega. Nevadas excepcionales en las zonas bajas.
Se recomienda visitar durante todo el año, aunque la primavera -con sus retamos florecidos- tiene un encanto especial y las lluvias veraniegas pueden originar cortes momentáneos en los caminos.
El Monte de Sierras y Bolsones se extiende exhibiendo sus características y resinosas jarillas, por los valles más bajos, a unos 1.600 metros sobre el nivel del mar. Aquí también se encuentran ejemplares de una especie en riesgo de extinción, el retamo (Bulnesia retama), arbusto de durísima madera, utilizado históricamente como recurso, también, por la cera que recubre sus ramas jóvenes. Más arriba, en las estribaciones y los filos de las sierras, hasta los 4300 metros sobre el nivel del mar, se advierte la naturaleza característica de la Puna y de los Altos Andes, con sus gramíneas de hojas duras, los coirones y las verdes yaretas, cuyas ramas y hojas crecen extendiéndose por el suelo, sin alcanzar alturas mayores a los pocos centímetros. Dos plantas son exclusivas de esta zona: Mulinumetchegarayi y Trichloclinecinerea.
Desplazándose entre el suelo de roca desnuda y la vegetación de apariencia achaparrada y arbustiva, vagan guanacos, suris o ñandúes petisos, cuises, zorros colorados y pumas, mientras que el límpido aire es surcado por un elenco de aves, algunas de mimético plumaje como la agachona y otras de coloración notable como el azul y amarillo que viste a los comesebos.
Hace pocos años se descubrió una nueva especie conocida como bagrecito del Leoncito (Silvinichthysleoncitensis). Esta especie habría evolucionado en el área hace miles de años en una época más húmeda que la actual, cuando el arroyo El Leoncito estaba conectado con el río San Juan o con el Barreal Blanco. Una disminución de los caudales habría desconectado al pequeño arroyo del resto de la cuenca, aislando en él a una población de este género, la cual logró sobrevivir miles de años adaptándose a su microhábitat —donde es el único pez nativo en él—, transformándose así en una especie distinta.
Administración de Parques Nacionales