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Las temperaturas medias rondan los: 8ºC en invierno, y 21ºC en verano. Llueve entre noviembre y marzo. Se registran temperaturas bajo cero y nevadas en las cumbres de los cerros.
La selva se distribuye en distintos pisos o estratos a medida que aumenta la altura. El más bajo corresponde al bosque chaqueño serrano con especies como el horco quebracho, el cochucho, el atamisque y los cardones. Luego comienza la selva de transición con tipas y pacaraés, seguida luego por la selva montana con grandes ejemplares de cedro, tarco, tipa y nogal. La selva de mirtáceas donde predomina el palo barroso, el alpamato, el mato, el chal- chal, y el güili comienza a partir de los 800 m. Por sobre los 1.500 m crecen bosques de pino del cerro, luego aliso y finalmente la queñoa. Uno de los aspectos más llamativos es la gran variedad de epífitas como la bromelia tanque, los claveles del aire y varias especies de orquídeas. En las partes más altas de los cerros crece el pastizal serrano.
A la fauna característica de las yungas se suman, en esta reserva, especies chaqueñas como la chuña de patas rojas y la charata que, junto a la pava de monte común, suelen aparecerse en los alrededores de la Intendencia.
En la Laguna de los Patitos se concentran distintas aves acuáticas, entre ellas la gallareta escudete rojo, la pollona negra, el pato cutirí y el macá o macacito gris.
Es frecuente encontrarse con corzuelas pardas, zorros de monte y tapires. El tapir, también conocido como anta, puede alcanzar los trescientos kilogramos, siendo el mamífero terrestre de mayor volumen y peso en América del Sur. Como le gusta el agua, pasa largas horas bañándose e ingiriendo plantas acuáticas.
Los pecaríes, pequeños chanchos salvajes de la región, se alimentan de vegetales, insectos, gusanos, arañas y reptiles. El pecarí de collar, distinguible por su pelaje claro alrededor del cuello, es más común que el labiado, que vive en las quebradas abruptas de densa vegetación arbustiva.
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