En la Ecorregión de los esteros del Iberá, pero con influencia de las vecinas regiones chaqueña, paranaense y del espinal, el Parque Nacional Mburucuyá posee un mosaico de ambientes naturales y una gran diversidad florística y faunística.
Subtropical húmedo. La temperatura media anual es de 21°C, con máximas superiores a los 40°C en verano y ocasionales heladas en invierno. Hay unos 1.200 mm anuales de lluvia, con picos en otoño y primavera.
La temporada más propicia para visitar el Área Protegida es desde febrero a julio.
Llama la atención en este parque la gran cantidad de lagunas circulares que posee, típicas de esta zona del país, y que, junto a esteros y cañadas, constituyen una abundante oferta de ambientes acuáticos.
Junto a ellas, hermosos pastizales naturales con palmares de yatay (Butia yatay), representante del espinal, cuya distribución original se ha reducido drásticamente debido a la expansión de la frontera agrícola. Estas lagunas están inmersas en bosques húmedos.
El parque además posee mogotes boscosos (isletas de monte en medio del pastizal) con especies paranaenses como el lapacho, el timbó, el laurel o la palmera pindó.
Antes de la primavera, los mogotes se colorean con el rosado de los lapachos en flor y a fines del verano, los timbós muestran sus renegridos frutos en forma de oreja, que contrastan con el verde resplandeciente del laurel.
Pero también hay, en las zonas más altas, bosques chaqueños con quebrachos colorados, chaqueño y blanco, urunday y viraró.
En las zonas más bajas predominan los algarrobos, acompañados de talas y palmeras de caranday.
La región del espinal mesopotámico está formada por bosques xerófilos, bajos y espinosos, palmeras de yatay, estepas de gramíneas y pajonales.
Los animales son abundantes y es fácil observarlos incluso a la vera de la ruta. Carpinchos, zorros de monte, corzuelas, yacarés, aguará popé son algunos de los más vistos. Pero en el Parque también viven otros más difíciles de ver, amenazados de extinción como el aguará guazú o el ciervo de los pantanos, que se puede ver en las cercanías del Estero Santa Lucía.
Las aves, son abundantes, especialmente las propias de ambientes acuáticos. También hay amenazadas aves de pastizal como el yetapá de collar o la monjita dominicana.
Entre sus rarezas se destaca la presencia del pez pulmonado Lepidosiren paradoxa, que posee una adaptación muy poco común para un pez, la respiración aérea, que le permite sobrevivir a períodos de sequía.
Y como endemismo de la región la presencia de la ranita de Pedersen (Argenteohyla siemersi pederseni) que habita en los bosques de tipo xerófilo del parque.
En los montes habita el mono aullador o carayá, generalmente visto cerca de los caseríos.
Un ciervo que habita el área llamado corzuela parda o guazuncho suele pastar en el área de acampe.
Esta extensa superficie de agua presenta una desarrollada ictiofauna, integrada por dorados, surubíes y viejas del agua, entre otras clases de peces.
Entre las muchas especies de aves presentes en el parque, se destaca el llamativo yetapá de collar, cuyo nombre en guaraní hace referencia a las plumas de la cola que tienen forma de tijera. Capuchinos, corbatitas y comedores de semilla vuelan en bandada por la sabana.
Administración de Parques Nacionales