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Templado y frío, con una marcada estacionalidad. Presenta inviernos húmedos con frecuentes nevadas y una temperatura media entre los 2° y 4° C. En cambio, los veranos son secos y la temperatura asciende hasta alcanzar una media entre los 14° y 16° C. Presenta un gradiente de precipitación originado por nubes provenientes del océano Pacífico descarga intensas lluvias en la zona cordillerana (4.000 mm anuales en Puerto Blest) que van disminuyendo hacia el este, donde se ubica la zona esteparia (600 mm).
La temporada más propicia para su visita es verano, fines de primavera y principios de otoño (noviembre-abril).
En estos ambientes habitan diferentes especies de flora y fauna. De oeste a este, la flora se conforma de manera distinta a lo largo de esta extensa superficie, la vida del bosque continúa con la de la estepa, resultando una transición de plantas entre ambientes húmedos del bosque y áridos hacia la estepa. Los bosques cubren las partes bajas de las montañas y los valles. La porción del bosque andino ocupa más del 60% del área protegida. Predominan en este ambiente especies como el coihue, la lenga y el ñire. Cerca del límite con Chile, en el área de Puerto Blest, las lluvias alcanzan los 4.000 milímetros anuales, permitiendo el desarrollo de la selva valdiviana. En estos sectores húmedos, como también en las márgenes de ríos o en costas de lagos, es bastante frecuente encontrar el arrayán. El ciprés de la cordillera vive desde el extremo oeste del bosque hasta la estepa. La selva valdiviana se compone de especies distintas: los cipreses de las guaitecas, los maniú macho y hembra, laurel, alerce y el fuinque son algunas de sus especies nativas. En el ambiente altoandino, sobre los 1.600 metros sobre el nivel del mar, se encuentran plantas adaptadas a las rigurosas condiciones de la alta montaña: hierbas rastreras, arbustos achaparrados y pastos duros son algunas de las formas que adquieren aquí las especies de flora.
La rosa mosqueta, el lupino, la retama y la margarita son especies que, entre otras plantas, fueron introducidas en la región y se aclimataron perfectamente.
En el área habitan 24 especies de vertebrados de valor especial, entre ellas el huillín, que es la especie emblema del Parque Nacional Nahuel Huapi, y vive en los ríos, lagos y lagunas de bosque siendo esencial para su hábitat la conservación en estado natural de las costas que incluyen la vegetación costera, rocas y troncos. Esta especie junto al huemul están en peligro de extinción. Otras especies de valor especial son el cormorán imperial, monito del monte, pato de torrente, cóndor, puma, pudú, gato huiña, el guanaco, el zorro gris chico y varias especies de anfibios. Existen además especies que sólo habitan en esta área protegida, es decir, en ninguna otra parte del mundo, tal es el caso del tuco tuco colonial, la ranita del Chalhuaco y el senecio del cerro Carbón.
Los colonizadores y pioneros europeos introdujeron especies exóticas como el ciervo colorado, el ciervo dama, el jabalí y la liebre, causando un perjuicio al ecosistema.
Administración de Parques Nacionales
