Frío seco a húmedo. De este a oeste, el promedio anual de lluvias varía entre 400 y 3.000 mm. La influencia de los fuertes, persistentes y gélidos vientos del oeste resulta notoria. En invierno, el termómetro baja hasta los -25° C. Durante el verano, la temperatura media ronda los 15° C. Pero no conviene confiarse. Suele nevar, incluso, en pleno enero. Vaya preparado.
La temporada ideal para visitarlo es fines de primavera a principios de otoño.
La flora del Parque se presenta en ambientes claramente definidos: la estepa hacia el este, los arbustales y pastizales de coirón dominan este paisaje en el que se han formado una serie de lagunas; un sector de transición, representada por la vegetación achaparrada de ñire y lenga; y el bosque. En los magníficos bosques, la lenga es la principal especie arbórea que toma diferentes formas según la altura de las elevaciones cordilleranas en la que crece. Cuanto más alto, más achaparrada y en forma de bandera producto del viento dominante. También en los lugares de mayor temperatura crece el guindo, árbol más sensible al frío.
El patrimonio faunístico de este Parque es una buena representación de toda la zona austral. Abundan los guanacos que recorren en tropillas los llanos, el choique o ñandú petiso, el pilquín o chinchillón anaranjado, que es una especie de distribución restringida al área santacruceña, diferente a los pilquines del resto de la Patagonia. El puma y los zorros colorado y gris son los predadores mayores de esta región. El huemul, ciervo autóctono declarado monumento natural, encuentra en esta reserva un protector amparo. En la época invernal, desciende de las altas laderas para guarecerse en los bosques y buscar alimento en los valles.
Flamencos, hualas, cisnes cuello negro, patos vapor y numerosos cauquenes, recalan en las pequeñas e innumerables lagunas formadas por el deshielo. También anidan en el Perito Moreno, el cóndor andino, el águila mora y una lechuza de gran tamaño llamada ñacurutú.
Afortunadamente, en aguas de este Parque Nacional no se han introducido especies exóticas, como ocurrió en la mayoría de los lagos patagónicos. Por esta razón posee una rica ictiofauna nativa.
Administración de Parques Nacionales